聖武天皇の勅願により全国に建てられた国分寺の一つ。天慶元年（938年）平将門の乱の兵火により焼失し現在の位置に 再建された。
　その後、戦国時代の永禄･天正期に兵火によって再度焼失し、室町時代中期に建立されたこの三重塔だけが災禍を免れ、 現存最古の建物として建立当時の姿を今に残している。
　ちなみに、平将門の乱以前の寺跡は国道20号線を挟んで現在の寺位置と反対側にあり、国の史跡に指定されている。

（仏塔訪問日記）

全国の国分寺に残る仏塔５基の中で最も古いのが、この信濃国分寺の三重塔である。

現存地より３００ｍ南には最初の国分寺史跡が広がり、塔跡もある。もともとは七重塔であったとする 説が有力らしいが、確証は無い。

全国の国分寺には数多くの七重塔が建てられたらしいが、一つも残っていないのは残念な限りである。