三井寺は7世紀に大友氏の氏寺として草創され、9世紀に円珍によって再興された。その後、比叡山延暦寺との対立抗争 が激化し焼き討ちされたり、秀吉に寺領を没収されたりと幾度か危機を迎えるも、その都度再興されてきた。
　この三重塔は、奈良県の比曽寺にあったものを豊臣秀吉が伏見城に移築し、さらに慶長6年（1601年）に、徳川家康がこの地へ移築させた ものである。

（仏塔訪問日記）

三井寺内で最も神聖な場所である『唐院』の中にあるため、この三重塔のサイドには行くことができず、少しだけ撮影はしにくい。

三井寺は一度、豊臣秀吉の怒りに触れ、寺領の没収を命じられたが、その死期間近に秀吉は、 その再興を許可したという。時の権力者、秀吉をもってしても、霊験あらたかな三井寺の祟りが恐ろしかったからという説がある。