長元2年（1029年）、源信の弟子にあたる源算が創建したという。 応仁の乱の被害で伽藍が焼失したのち、江戸時代になってから桂昌院の寄進によって再興された。 山内最古である多宝塔も、江戸時代に賢弘により再建されたものである。

（仏塔訪問日記）

ここへは自動車で行ったが、紅葉のシーズンは混雑するからバスで来ることを推奨しているようだ。 ただし、JR向日町駅から善峰寺行きのバスは本数も少なく、あまり遅い時間に行くと帰りのバスが無くなってしまう ので要注意である。

境内は起伏に富んでおり非常に広く、多宝塔以外にも五葉の松など、季節を問わず美しい寺院である。

阪神大震災のとき、高速道路の高架から落ちそうでギリギリ落ちなかった観光バスの運転手さんが、 この善峰寺のお守りをもっていたことから、『落ちないお守り』として受験生などに人気があるそうである。