創祀年代は不詳である。平安時代初期に、日吉十禅師社（現日吉大社摂社樹下神社）を勧請したと伝える。
　この多宝塔は、邇々杵神社の奥の院と呼ばれ、鎌倉初期の釈迦如来像をはじめ20余体の仏像が安置されている。平安時代に創建されたあと荒廃し、1842年(天保13)に再建された。

（仏塔訪問日記）

この日の仏塔巡りは、（滋賀県高島市邇々杵神社）→（福井県小浜市明通寺）→（京都府舞鶴市金剛院）→（舞鶴市円隆寺）→ （宮津市成相寺）→（京丹後市縁城寺）というルートだった。大阪在住の私にとってこのルートの仏塔めぐりは、 それほどハードなスケジュールではない。ただし、この日は所用があり、夜の７時には大阪に戻ってなければならなかったので、 この邇々杵神社　多宝塔へは朝の８時頃に到着するように家を出た。

朝から仏塔を見るのは珍しかったのだが、澄んだ朝の空気に映えた非常に荘厳な雰囲気の多宝塔だった。

このあたりは雪の多い地方なのだが、真冬の雪景色が非常に似合いそうな多宝塔である。